Você pode usar o mecanismo de expansão de parâmetros
shopt -s globstar
for file in **/*foo.bar; do
prefix="${file%.foo*}"
suffix="${file##*.foo}"
mv -v -- "$file" "$prefix$suffix"
done
O ${file%.foo*} remove o sufixo correspondente (deixando apenas o prefixo) e ${file#*.foo} remove o prefixo (deixando o sufixo). A estrela dupla glob ( ** ) é necessária para percorrer todos os subdiretórios e setopt -s globstar permite essa glob.