O makepkg nunca deve ser usado como root. Isso seria perigoso porque você está criando pacotes não oficiais feitos pelo usuário da AUR.
Faça o download do pacote como um usuário normal, como:
wget https://aur.archlinux.org/cgit/aur.git/snapshot/package-query.tar.gz
Em seguida, extraia o arquivo:
tar xvzf package-query
Em seguida, tente criá-lo:
makepkg