Por que não é possível instalar o WFDB?

Question

Estou instalando o WFDB Toolbox para Matlab 2016a no Ubuntu Linux 14.04 64bit, cujas instruções são aqui . Eu faço

[old_path]=which('rdsamp');if(~isempty(old_path)) rmpath(old_path(1:end-8)); end
wfdb_url='http://physionet.org/physiotools/matlab/wfdb-app-matlab/wfdb-app-toolbox-0-9-9.zip';
[filestr,status] = urlwrite(wfdb_url,'wfdb-app-toolbox-0-9-9.zip');%Octave users may have to download manually
unzip('wfdb-app-toolbox-0-9-9.zip');
cd wfdb-app-toolbox-0-9-9;cd mcode
addpath(pwd);savepath

Eu recebo um problema de permissão

Warning: Unable to save path to file '/usr/local/MATLAB/R2016a/toolbox/local/pathdef.m'. You
can save your path to a different location by calling SAVEPATH with an input argument that
specifies the full path. For MATLAB to use that path in future sessions, save the path to
'pathdef.m' in your MATLAB startup folder. 

Gostaria de salvar no local padrão indicado no erro, ou seja, no arquivo pathdef.m por usuário.

Resultados da resposta de thrig

• Funciona na última atualização do Ubuntu 16.04 de 64 bits
• Não funciona no OS X El Capitan.

Faça no terminal

echo "export MATLAB_USE_USERWORK=1" >> $HOME/.bashrc
matlab -nodesktop -nosplash -r \ 
    "userpath('/home/masi/Documents/bin/matlab/'); exit;"

Configuração final

if (exist('old_path', 'var') == 0) 
    home='/home/masi/';
    [old_path]=which('rdsamp');if(~isempty(old_path)) rmpath(old_path(1:end-8)); end
    wfdb_url='http://physionet.org/physiotools/matlab/wfdb-app-matlab/wfdb-app-toolbox-0-9-9.zip';
    [filestr,status] = urlwrite(wfdb_url,'wfdb-app-toolbox-0-9-9.zip');%Octave users may have to download manually
    unzip('wfdb-app-toolbox-0-9-9.zip');
    cd(fullfile(home, 'wfdb-app-toolbox-0-9-9', 'mcode'));
    addpath(fullfile(home, 'wfdb-app-toolbox-0-9-9/mcode/')); % me
    %addpath(fullfile('wfdb-app-toolbox-0-9-9', 'mcode'));
    % Bug command sets userpath to '', why? http://stackoverflow.com/q/38283814/54964
    %savepath(fullfile(home, 'pathdef.m')); % ~/pathdef.m originally
end

Como você pode instalar o WFDB por arquivo pathdef.m por usuário no Matlab 2016a?

    

Answer 1

Você pode (temporariamente) atribuir permissão de gravação a esse arquivo para o usuário, por exemplo, sudo chown youruseraccount /usr/local/MATLAB/R2016a/toolbox/local/pathdef.m e, em seguida, faça a instalação e altere as permissões novamente. Mas isso não vai acontecer se você não tiver privilégios para fazê-lo. Outra opção é alterar a chamada savepath para escrever um pathdef.m personalizado:

$ cd
$ matlab
...
>> mkdir wfdb
>> cd wfdb
>> [old_path]=which('rdsamp');if(~isempty(old_path)) rmpath(old_path(1:end-8)); end
...
>> savepath ~/pathdef.m
>> exit
...
$ matlab
...
>> wfdb

Isto assume que o seu diretório home é sua pasta de inicialização para o matlab, embora o pathdef.m possa ser salvo em outro diretório e o matlab seja iniciado a partir desse diretório, ou o caminho da pasta inicial alterado nas preferências do matlab.