No seu arquivo ispconfig.vhost
, veja este bloco:
<FilesMatch "\.ph(p3?|tml)$">
SetHandler None
</FilesMatch>
Diz para não associar nenhum handler para arquivos php. Um pouco depois, você tem outro bloco:
<IfModule mod_fcgid.c>
...
<FilesMatch "\.php$">
SetHandler fcgid-script
</FilesMatch>
...
</IfModule>
Este bloco informa que se o módulo mod_fcgid
for carregado então deixa fcgid-script
manipular arquivos php.
Isso significa que, se você não ativou o módulo FastCGI, nada pode gerenciar arquivos PHP aqui.
Talvez você não tenha instalado o libapache_mod_fcgid
ou não esteja ativado (cf: a2enmod fcgid
)