Você especificou a chave privada como /root/.ssh/id_rsa
. O script é executado como root? Como aqui "IdentityFile ~/.ssh/id_rsa" >> /root/.ssh/config
você diz para procurar no diretório pessoal do usuário atual em vez de especificamente /root/.ssh/id_rsa
. Está se comportando como se você estivesse passando a chave errada.
Eu não uso o docker, mas talvez isso possa ser relevante para o seu problema.