Isso pode ocorrer porque o arquivo de configuração é diferente entre o usuário root e o usuário, para que seja possível iniciar no root.
Eu vi este arquivo no usuário normal
~/.config/terminator/config
e tente remover essa linha para torná-la semelhante à raiz
use_custom_command = True
Para quem obtiver o erro com a vinculação de chaves para hide_window , tente mapeá-lo para outra ligação de chave (eu escolho: Shift + Ctrl + Alt + F11) conforme abaixo:
[keybindings]
hide_window = <Shift><Control><Alt>F11