Se os seus requisitos permitirem que o subdomínio seja uma conta cPanel diferente, eu recomendaria usar o CloudLinux e seu Seletor PHP para isso. Eu acho que você pode fazer uma atualização in-loco do CentOS para o CloudLinux e também se integra ao cPanel.
Isso é especialmente recomendado se você estiver executando versões do PHP que não recebem mais atualizações de segurança como as que você está querendo executar (5.2 e 5.3) porque você pode usar sua funcionalidade CageFS para isolar um site de outro então se um é hackeado, o outro tem proteção.