Não importa realmente. Quando você terminar de personalizar e ajustar a opção, escolha a única vez em que se lembrará de qual instalou quando fizer as atualizações de pacote.
O Ubuntu possui um repositório maior e possui o ambiente de área de trabalho Unity. Isso é apenas sobre isso. Se a única coisa que você está preocupado é personalizar, então realmente não importa. E se você ficar dentro da família Debian, você pode facilmente mudar.