Versões menores como 6.2, 6.3 etc. são projetadas para serem compatíveis após a atualização (ou seja, enquanto 6.2 permanecer 6.2 e atualizações forem feitas dentro dele). Mais importante ainda, as versões principais e secundárias do kernel, bem como as versões principais e secundárias da glibc, permanecerão as mesmas. Quaisquer atualizações nelas não significarão que você precisa recompilar os aplicativos.
Você precisaria recompilar os módulos do kernel e, se você os tiver, após uma atualização do kernel. A maioria das pessoas não compila seus próprios módulos do kernel.
Se você atualizar de 6,2 para 6,6, no entanto, isso pode significar problemas.
Como é muito fácil fazer backups, pode valer a pena trocar um sistema, fazer testes e, em seguida, poder voltar.