O comando 'make' do Linux falha após instalar ruby e gemas para biopieces

Question

Gostaríamos de experimentar as ferramentas de biopieces , que exigem determinadas dependências, como ruby e perl, a.o. Depois de executar os instaladores e, consequentemente, instalar algumas gemas do ruby, não conseguimos executar o nosso linux regular ' make 'command anymore:

~$ make

/var/lib/gems/1.9.1/gems/make-0.3.1/bin/make:1:in 'top (required)>': uninitialized constant ELF (NameError)
        from /usr/local/bin/make:23:in 'load'
        from /usr/local/bin/make:23:in '<main>'

Se especificarmos o diretório raiz / usr / bin / make, isso funcionará.

Por enquanto, não estamos usando biopieces e podemos desinstalar tudo. É possível consertar isso, voltar para onde estávamos antes?

    

Answer 1

Se você olhar para ruby_installer.sh nos links mencionados, verá que termina com:

echo "All done. Now append the following to your ~/.bashrc file:"
echo "export PATH=\"$ruby_dir/bin:\$PATH\""
echo "Done"

Isso significa que $ruby_dir/bin (exemplo: /usr/local/myruby/bin ) agora é o primeiro lugar onde o shell tentará encontrar programas.

Para alterar isso, apenas faça eco de sua variável PATH e altere-a, então /usr/local/myruby/bin será o último lugar a ser verificado. Por exemplo:

# echo $PATH
/usr/local/myruby/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

# export PATH=/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin:/usr/local/myruby/bin

# echo $PATH
/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin:/usr/local/myruby/bin

E não se esqueça de alterar o PATH no seu .bashrc , conforme especificado no script.

    

Answer 2

Combinando a resposta e os comentários recebidos, resolvemos o problema. Primeiro, confirmamos que 'make' estava sendo chamado de /usr/local/bin , que apareceu antes de /usr/bin in PATH . E então removemos o ruby 'make' de /usr/local/bin . Aqui está o passo a passo:

$ which make
$ echo $PATH
$ gem uninstall -a -x make; hash -r;

Agora, nosso Linux 'make' está funcionando normalmente; -)