Você precisa reparar o BCD do Windows:
Como recriar os dados de configuração de inicialização (BCD)
O Boot Configuration Data (BCD) contém uma lista detalhada do que deve ser carregado na inicialização. A Microsoft indica que um erro de inicialização também pode ser causado por arquivos ausentes ou danificados no BCD. O parâmetro / rebuildbcd pode ser muito útil quando você precisa corrigir alguns erros reconstruindo completamente o BCD.
Para reconstruir completamente os dados de configuração de inicialização, execute este comando: bootrec.exe / rebuildbcd.
ComoadicionarinstalaçõesausentesdoWindowsaosdadosdeconfiguraçãodeinicialização
Seoseucomputadortiverváriossistemasoperacionaisinstalados,masnemtodosestiveremdisponíveis,useaopção/ScanOS.OusodesseparâmetronoBootrec.exeiniciaráumavarreduraemtodososdiscosparaqualquerinstalaçãodoWindowsVista,7,8ou8.1quenãoestejaatualmenteincluídanoBCD(BootConfigurationData).
Nacapturadetelaabaixo,vocêpodevercomoesseprocessodeverificaçãopodeparecer.
Se o comando bootrec.exe / scanos retornar resultados, você poderá continuar o processo de reparo. No final, você recuperará a instalação perdida do Windows na tabela segura do BCD, tornando-a inicializável novamente.
Observequeissorealmentefaráavarreduradetodosossistemasoperacionais,masreportaráapenasasinstalaçõesdoWindows.ComooshimexisteparaoKaliLinux,issodevecolocarainstalaçãoausentedevoltanoBCD.
Vejatambém