A mensagem significa que, por algum motivo, apt-get upgrade determinou que deveria deixar esses três pacotes sozinhos. De um modo geral isso é porque atualizá-los iria quebrar outra coisa. Você pode tentar sudo apt-get dist-upgrade para ver o que o apt-get faz se você também remover pacotes. Você sempre será solicitado a confirmar antes que um pacote seja removido ...
Neste caso específico, você também pode obter mais informações executando sudo apt-get install rhythmbox ; que pedirá a apt-get para atualizar rhythmbox para a versão mais recente e mostrará o que está impedindo isso, se for o caso.