Você está tendo esse problema porque ls está colorindo sua saída e os diretórios provavelmente estão sendo exibidos com o atributo bold ativado. No entanto, parece que sua fonte escolhida não tem uma variante em negrito, e outra fonte é substituída na tentativa de simular o efeito negrito. Isso é o que você está vendo.
Você pode modificar a variável de ambiente LS_COLORS , que informa ao ls como colorir vários tipos de entradas de diretório; geralmente o comando dircolors é usado para inicializar seu valor, então você quer investigar isso.
