Muitos aplicativos em servidores e estações de trabalho precisam do Java por motivos práticos. Os exemplos incluem a GUI do NetBackup, as ferramentas de administração do cliente LDAP, os pacotes de análise matemática, etc., embora certamente não estejam limitados a esta pequena lista. Um sistema é certamente mais do que apenas o kernel, como está implícito na declaração "Gnu / linux" em sua pergunta. Eu certamente não iria desinstalar ou removê-lo do meu sistema apenas para ser pedante, a menos que você saiba com certeza que você não quer lá.