Eu estou supondo que você tenha a diretiva FollowSymlinks no lugar, já que é o que o tutorial cobre. Em seguida, a outra consideração é que o usuário www-data precisa ter acesso de execução no diretório para o qual o link simbólico aponta ( /home/pi/downloads ).
Se www-data pertencer ao grupo que possui /home/pi/downloads , você poderá fazer chmod g+x /home/pi/downloads e o Apache deverá obter acesso imediatamente a esse diretório.Caso contrário, se você não se importar em permitir que todos os usuários acessem o diretório, você pode fazer chmod o+x /home/pi/downloads .