Existem duas opções. Ambos usam rsync .
Ou: atualize somente share1 e share2 , excluindo arquivos desconhecidos no destino
rsync --dry-run -avP --delete .../src/share1 .../src/share2 .../des/
Ou: atualize tudo em des , excluindo arquivos desconhecidos no destino, exceto des1
rsync --dry-run -avP --delete --exclude '/des1' .../src/ .../des/
Quando estiver satisfeito com o resultado, remova --dry-run .