Teste isync , que parece que deve se adequar ao seu objetivo:
isync é um aplicativo de linha de comando que sincroniza caixas de correio; Atualmente, as caixas de correio Maildir e IMAP4 são suportadas. Novas mensagens, exclusões de mensagens e alterações de sinalizadores podem ser propagadas nos dois sentidos. O isync é adequado para uso no modo desconectado por IMAP.