Você pode usar cut
para remover colunas indesejadas. Na página do manual:
-d, --delimiter=DELIM
use DELIM instead of TAB for field delimiter
-f, --fields=LIST
select only these fields; also print any line that contains
no delimiter character, unless the -s option is specified
--complement
complement the set of selected bytes, characters or fields
Você pode usar isso para criar arquivos temporários, que você pode comparar usando diff
da seguinte forma:
cut -d'|' -f 3 --complement <file1 >file1.tmp
cut -d'|' -f 3 --complement <file2 >file2.tmp
diff file1.tmp file2.tmp