Este foi difícil porque tudo estava lá. Após a reinicialização do sistema, o libudev.a apareceu em /usr/lib por algum motivo. Eu tinha duas versões de configuração de pacote no meu sistema (não sei como isso aconteceu) e ./configure para o hidapi estava usando o errado.
Isso foi resolvido adicionando esse caminho a /root/.bashrc :
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib