Não sou especialista em pdf format, mas no seu arquivo de exemplo, acredito que as partes indesejadas são objetos 17 , 33 e 49 . Para remover esses objetos, usaria pcregrep da seguinte maneira:
pcregrep -aMv '(17|33|49) 0 obj(.|\n)*?Hello(.|\n)*?endobj' new2.pdf > new3.pdf
Aqui, a opção -a é necessária para tratar o arquivo binário como texto, -M para corresponder a multilinha e -v para inverter a correspondência.
Depois disso, você ainda precisará reparar o novo arquivo conforme descrito na resposta vinculada à sua pergunta ( link ) .