O comando básico para copiar arquivos é cp . Você pode querer usar ls primeiro para obter uma lista de arquivos (e diretórios):
cp some_file ~/new_name
copia um arquivo em /mnt/usb para o arquivo new_name em seu diretório pessoal.
Se você deseja copiar todos os arquivos que terminam em .jpg e .JPEG para um novo diretório pictures em seu diretório pessoal, você pode usar, por exemplo:
mkdir ~/pictures/
cp *.jpg *.JPEG ~/pictures/
Eu recomendo que você mantenha seu diretório raiz limpo, mas se você tiver que copiar coisas lá, / é o caminho para o root, então o último comando seria:
cp *.jpg *.JPEG /