Tente editar /usr/share/icons/default/index.theme . Você precisa mudar a linha:
Inherits=<something>
para:
Inherits=<name of cursor theme you are using>
Por exemplo, estou usando um tema chamado Openzone Ice Slim, para que a linha fique assim para mim:
Inherits=Openzone Ice Slim
Isso alterará um tema de cursor de fallback padrão para todos os usuários, e acho que existe o arquivo com o mesmo nome em ~/.icons/default/ , o que alterará o cursor padrão por usuário.