Criando uma lista contendo nomes de arquivos com caminhos

Question

Eu tenho um diretório (INPUTDIR) com nomes de amostra como subdiretórios (508_C, 540_C, 570_D etc). Dentro desses subdiretórios existe um outro diretório chamado FASTQ que contém dois tipos de arquivos.

por exemplo,

540_Ct_1.fastq.gz
   540_Ct_2.fastq.gz

Eu quero criar duas listas, a primeira com todos os nomes de arquivos _1.fastq.gz com caminhos e a outra com nomes de arquivos _2.fastq.gz com caminhos.

A estrutura de diretórios é

INPUT DIR > 508_C >FASTQ > 508_1.fastq.gz 508_2.fastq.gz
INPUT DIR > 540_C >FASTQ > 540_Ct_1.fastq.gz 540_Ct_2.fastq.gz
INPUT DIR > 570_D >FASTQ >570_Ct_1.fastq.gz 570_Ct_2.fastq.gz

O INPUTDIR é o diretório principal. Eu quero criar duas listas neste diretório. Uma lista tem:

/home/user/INPUT DIR > 508_C >FASTQ > 508_1.fastq.gz 
/home/user/INPUT DIR > 540_C >FASTQ > 540_Ct_1.fastq.gz 
/home/user/INPUT DIR > 570_D >FASTQ > 570_Ct_1.fastq.gz 

A segunda lista tem:

/home/user/INPUT DIR > 508_C >FASTQ >508_2.fastq.gz
/home/user/INPUT DIR > 540_C >FASTQ > 540_Ct_2.fastq.gz
/home/user/INPUT DIR > 570_D >FASTQ >  570_Ct_2.fastq.gz

Obrigado,

Ron

    

Answer 1

cd INPUTDIR
find . -name \*1.fastq.gz > list1
find . -name \*2.fastq.gz > list2

Os caminhos nos arquivos "list" serão relativos ao diretório atual. Se você quiser caminhos absolutos, use

find "$PWD" -name \*1.fastq.gz > list1