Eu tentei com vários leitores de PDF no Ubuntu. alguns dão anotação e não é salvo no arquivo diretamente, usa algum mecanismo. É por isso que suas anotações, os realces feitos em okular não podem ser visualizados em outro visualizador de PDF. A melhor maneira é instalar o leitor Foxit junto com o vinho.
Como eu sei, não há aplicativo nativo no Ubuntu que possa anotar os PDFs