Em sistemas baseados em Linux, é quase impossível restaurar arquivos depois de excluídos. O que você deve fazer nesse caso é recuperar o diretório quebrado dos backups salvos. Você está fazendo backups periódicos, certo? Caso contrário, dependendo do diretório removido, talvez seja necessário identificar e reinstalar vários pacotes ou fazer uma reinstalação total do sistema.