Coloque citações em torno de itens que você deseja que sejam tratados como argumentos únicos por o programa:
sox "$x" "$(basename "$x" .flac).aiff"
Se você usar aspas duplas (como acima), poderá usar referências de variáveis como $x dentro delas. Se você usar aspas simples ( '...' ), use os caracteres especiais que usar dentro deles são mantidos como você os escreveu.