Se eu fosse escrever algo assim, eu
TODAY='date --iso'
CONFIGS="/etc/inittab /etc/default/cron /etc/default/login ..."
ssh -q $HOST 'for cfg in '${CONFIGS}'; do digest -v -a md5 ${cfg}; done' |\
awk '{print $2,$4}' | sed 's/) (/\n/;s/[()]//g' >> /tmp/md5_config_$TODAY.txt
No entanto, talvez você queira conferir o Tripwire e outras ferramentas criadas para esses fins.