apenas remova o &
no final de
towhee towhee_input5 > output &
No shell &
significa colocar em execução em segundo plano, se você quiser que o processo seja executado em primeiro plano, basta removê-lo e seu script será executado assim que terminar.
editar
Se você deseja executar o comando em segundo plano e esperar por ele, basta usar wait
towhee towhee_input5 > output &
wait
continue your code...
deve ser suficiente, embora esse código espere por cada comando que você iniciar em segundo plano antes, você também pode usar wait $!
porque $!
é uma variável que contém PID do comando de segundo plano mais recente e wait
bash O comando interno é geralmente usado com um PID como argumento para aguardar um processo específico.