Ele está mudando porque algo está detectando a mudança e configurando o mouse novamente. (Então as coisas voltam ao padrão) Para parar o comportamento, você precisa adicionar suas configurações a uma seção de Entrada no x11.conf para que, quando for "re-initilized", os padrões sejam os desejados. As configurações que você está procurando são:
Option "MinSpeed" "X.xx" # speed factor for low movement
Option "MaxSpeed" "y.yy" # maximum speed factor for fast movement
Option "AccelFactor" "z.zz" # acceleration factor for normal movements