não pense que é possível desativar uma porta pci específica. É possível desativar um dispositivo específico com uma regra personalizada do udev:
Você precisa conhecer o mac do dispositivo. Por exemplo, crie um arquivo /etc/udev/rules.d/90.disable.netcard.rules
SUBSYSTEM=="net", ACTION=="remove", DRIVERS=="?*", OPTIONS="ignore_device"
, ATTR{address}=="ZZ:AA:BB:CC:DD:EE", ATTR{dev_id}=="0x0", ATTR{type}=="1", KERNEL=="eth*", NAME="eth0"
depois você tem que reiniciar o udev