O kernel é executado a partir da RAM. É impossível trocar código ou dados do kernel. O próprio Linux nunca acessa o arquivo que contém o kernel (exceto como parte das atualizações do sistema). De fato, em alguns sistemas embarcados, o kernel pode não estar acessível ao sistema operacional, mas estar localizado em um local onde o gerenciador de inicialização possa encontrá-lo. Algum código do modo kernel é carregado a partir de arquivos de módulo, mas depois que um módulo é carregado, o arquivo de onde ele vem não importa.
Assim você pode fazer o que quiser com o arquivo do kernel. Apenas certifique-se de que o bootloader ainda possa encontrá-lo depois.