Você pode, e mudou, o runlevel de um script bash. Mas não faz sentido alterar o nível de execução de um script que é executado em uma mudança de nível de execução! Mudar o nível de execução mata o seu script porque é parte da configuração do nível de execução anterior.
O que você precisa fazer em relação aos drivers da NVidia, não está relacionado a estar no nível de execução 3. Talvez você precise fazer as coisas antes de iniciar o servidor X? Nesse caso, execute-o durante a inicialização (runlevel S) ou na inicialização do runlevel que você pretende acessar, mas antes de executar o xdm.