Não há realmente uma maneira automatizada de fazer isso. Especialmente se você não usou o método das distribuições para gerenciar pacotes. Você terá que procurar por diretórios relacionados a nodejs e NPM e excluí-los manualmente.
Gostaria de observar se os arquivos estão consistentemente em uma implantação de nodejs e pesquisam por eles. Se eles estiverem em diretórios marcados claramente como específicos do nó ou do NPM, você poderá removê-los de modo atacado usando rm -fr <somedir> .