A maneira mais fácil de fazer isso provavelmente seria usar os hashes do Perl:
perl -e '
for (<*.jpg>){
$date = substr($_,0,10);
$counts{$date}++;
rename $_ => "$date-".sprintf "%03d",$counts{$date}.".jpg";
}
'
Cuidado, porém, esse código não foi testado. Tente em arquivos falsos primeiro.