Os scripts RC são chamados como scripts de shell não interativos. Assim eles não lêem / etc / profile. Assim, você precisa definir explicitamente suas variáveis em seu script. Seja diretamente no seu script ou use algumas técnicas de encapsulamento do script RC (variáveis principais definidas em / etc / sysconfig / $ package).
Veja como o tomcat6 está fazendo isso (embora seja bastante complicado de acordo com a minha opinião).