As principais diferenças são exatamente isso, estética. O LMDE também inclui alguns bons programas desenvolvidos pela Mint para facilitar a administração e backups.
Quanto às atualizações, cabe a você. O LMDE trabalha com "Update packs" que são lançados regularmente e atualizam vários pacotes. É, como o Debian, uma distribuição contínua (eles se chamam "semi-rolling" por causa dos pacotes de atualização) sem versões reais. No entanto, ele é completamente compatível com os repositórios do Debian e é, em todos os aspectos, Debian , para que você possa simplesmente apontá-lo para o experimental repo para obter o melhor resultado.
Por padrão, o LMDE é baseado no Debian Testing e é essencialmente Debian Testing + Cool Mint Tools. A maneira como é atualizada depende de como você a configura. Se você deseja estabilidade, deixe-a no estado padrão, que apontará para os repositórios Testing e o repositório "Latest" do Mint. Para obter as atualizações mais recentes conforme elas chegam, aponte seu sources.list para o Debian Experimental ou LMDE "Incoming".