Duas respostas:
- arquivos zip não armazenam informações unix de proprietário ou de permissão. Use um arquivo tar em seu lugar.
Existem vários Perguntas e respostas sobre o estouro de pilha neste tópico, incluindo:
- A maneira correta de lidar com a atualização é escrever um script de instalação que o usuário possa, por exemplo, carregar e executar de uma sessão ssh - os sites não devem ter permissões para substituir seus próprios arquivos de script (ou arquivos .htaccess ou adicionar novos scripts executáveis, etc). Eu percebo que isso pode ser difícil ou impossível em muitos serviços de hospedagem na web, mas é importante perceber que é uma enorme falha de segurança.