Você pode ter vários domínios na confirmação do host virtual no arquivo httpd.conf e cada domínio pode ter uma pasta separada. Aqui está um exemplo:
Listen 80
<VirtualHost *:80>
DocumentRoot /www/example1
ServerName www.example.com
# Other directives here
</VirtualHost>
<VirtualHost *:80>
DocumentRoot /www/example2
ServerName www.example.org
# Other directives here
</VirtualHost>