Você pode definir as permissões no diretório em que o backup é armazenado para 0700, de propriedade root: root. Isso impedirá que qualquer pessoa, exceto o root, acesse os arquivos por meios normais e seja trivialmente reversível ao restaurar o backup.
Como alternativa, você pode introduzir um novo nível de diretório logo acima da raiz do local de destino do backup, que pode ser definido para essas mesmas permissões. Dessa forma, você não tocará em nenhuma permissão do backup.