Se por fragmentação você quer dizer que as imagens JPEG (que são o formato de imagem mais comumente encoberto) são "pixeladas" ou têm artefatos estranhos como listras, isso significa que os arquivos não foram totalmente recuperados.
Agora, se o cartão em si estiver funcionando, tente cloná-lo com dd em um arquivo:
dd if=/dev/mmcblk0p1 of=/path/to/image bs=1M
e trabalhe na imagem resultante - ela será mais rápida e você não terá que se preocupar em danificar acidentalmente a única cópia de seus dados. Quando alguém está tentando resgatar os dados de uma mídia danificada de alguma forma (por exemplo, um HDD que esteja morrendo), ddrescue é a escolha certa.
O sistema de arquivos normalmente usado em cartões SD é FAT (que tem na verdade uma estrutura bastante simples), então você provavelmente deseja procurar utilitários que tentem reconstruir isso (esses utilitários existem desde o DOS, um exemplo pode ser o Norton Utilitários ).