Obrigado pessoal - Descobriram que, alterando o arquivo gnome-terminal.desktop em / usr / share / applications, você pode configurá-lo para o que quiser e:
1) por usuário
2) persiste através de logouts / reinicializações.
Você pode executar algo assim:
sed -i s/^Exec=gnome-terminal/"Exec=gnome-terminal --geometry=105x58+720+50"/ /usr/share/applications/gnome-terminal.desktop
Obrigado à Tecton nos Fóruns do Fedora por essa solução! Tenha em mente que isto é somente para o Fedora 20 usando o terminal gnome, mas pode funcionar com qualquer distro usando o terminal gnome. YMMV