Ahsan,
Por padrão, tcptraceroute executa traceroute usando pacotes tcp-syn para a porta 80. A porta 80 é a padrão. Basta especificar a porta (por padrão, tcptraceroute usa a porta 80) e o firewall não saberá a diferença. Requer: libpcap, libnet, glibc packages embora.
Se você precisar de algum exemplo sobre o uso do utilitário tcptraceroute, aqui estão alguns no link