Então, o que você recebe no menu de inicialização? Apenas GNU / Linux? Como você está configurando? Se isso é algum instalador automatizado, eu acho que há um problema com o instalador.
Você sempre pode configurar GRUB
manualmente, adicionando a entrada para o Windows - deve ser uma questão de pegar uma das configurações de inicialização dupla lá fora e alterando o que precisa ser alterado. Neste exemplo, ele já está escrito para dois discos diferentes, embora seja para arch e Windows (mas você só precisa adicionar a entrada do Windows, de qualquer forma). Eu acredito que o Ubuntu agora usa GRUB 2
, então outro exemplo, do Wiki do Gentoo , está pronto para ser exibido como isso pode ser feito.