Esta é uma configuração normal para o VNC. Normalmente, o VNC já está sendo executado como usuário e a senha do VNC está sendo solicitada. Isso geralmente é diferente da senha do usuário.
É possível configurar o VNC para iniciar a partir de xinetd
e usar um gerenciador de área de trabalho como xdm
para manipular logins. Eu documentei as minhas soluções Ubuntu para Desktops Remotos com VNC e RDP .