Eu tenho medo que você tenha bastante dificuldade em tornar o Puppy Linux mais "normal" - simplesmente porque ele foi projetado para ser assim. Eu sugeriria procurar por algo mais, já que há muitas outras pequenas distribuições de pegada .
Eu pessoalmente tenho uma experiência muito boa com o Slax baseado no Slackware (que é extensível com módulos) e Maldito Linux Pequeno . Você também pode criar uma distribuição baseada em openSUSE (ou Suse Linux Enterprise para essa matéria) personalizada com o openSUSE Studio .