Os dois /etc/bashrc e ~/.bashrc são chamados de non-login files. Isso significa que eles não são originados durante um shell de login, a menos que sejam chamados por /etc/profile ou outro arquivo.
Se /etc/profile o chamar (como é típico), então se você quiser testá-lo no seu shell atual, você deve fonte-lo.
/root: #> source .bashrc (fonte com a fonte de comando)
/root: # . .bashrc (fonte com um período)
Ou você precisa instanciar um login shell usando su ou sudo.
/root: # su - (o traço inicia um shell de login que reutiliza os arquivos de login)
/root: # sudo su - (usando o sudo para executar o comando de alternância do usuário)
e, claro, você pode fazer o login novamente.
EDITAR:
Normalmente, embora os caminhos Java não sejam definidos usando .bashrc, eles são definidos como scripts separados no diretório /etc/profile.d . Pelo menos nas distribuições corporativas que uso.
system1:/etc/profile.d # ll
-rw-r--r-- 1 root root 1438 Aug 30 2005 alljava.csh
-rw-r--r-- 1 root root 1682 Jul 13 2005 alljava.sh
system1:/etc/profile.d # cat alljava.sh
if [ -x /usr/$__libdir/jvm/java/bin/java ] || [ -x /usr/$__libdir/jvm/java/bin/jre ] ; then
export JAVA_BINDIR=/usr/$__libdir/jvm/java/bin
export JAVA_ROOT=/usr/$__libdir/jvm/java
export JAVA_HOME=/usr/$__libdir/jvm/java
#....cut for brevity...