Combinando as peças deixadas nos comentários por Yasir Arsanukaev e user3927
Primeiro, tente
cd /usr/ports && make clean
cd /usr/ports/ports-mgmt/portsnap && make install clean
portsnap fetch update
Então talvez atualize o Apache e o PHP5 com make deinstall reinstall
.
Por fim, reinstale php5-pdo_mysql
com
cd /usr/ports/databases/php5-pdo_mysql && make deinstall reinstall