É difícil dizer exatamente o que está causando o erro.
Ter o IPv6 ativado e ouvir na mesma porta não deve causar problemas.
Qualquer sistema que tenha capacidade de pilha dupla deve tratá-lo bem.
Encontrei este relatório de erros da Veritas (e estou supondo que você está usando o que eles se referem como Netbackup), mas não tenho idéia se esse poderia ser o problema que você está enfrentando. Admito de antemão que não tenho experiência com o Netbackup.
Portanto, só posso responder à pergunta "isto é o que está a causar o problema".
Quanto ao "você pode forçá-lo a ouvir apenas em IPv4", você provavelmente pode, e deve estar em algum lugar na configuração do Netbackup referente a que endereços de porta / IP está escutando. Se estiver ouvindo em TODOS os endereços IP disponíveis para o servidor, e o servidor tiver IPv4 de pilha dupla e IPv6, ele escutará as conexões de ambos. Portanto, se você puder vincular o Netbackup a um endereço IPv4 alocado para o seu servidor, isso deverá desabilitar a funcionalidade do IPv6.