If I were to decrease the ext4 partition size on that HDD and install windows on on the remainder, would it still affect my bootloader, that resides on the SSD (Mess up my bootloader so that I can not boot to Linux anymore)?
Não, isso não afetaria o gerenciador de inicialização ou qualquer outra coisa no outro disco, a menos que um erro seja cometido e a nova instalação seja colocada no disco errado.
Se você não tiver certeza de que tipo de coisas automatizadas o instalador do sistema operacional fará nas suas costas e / ou quiser ser o mais seguro possível, sugiro que você desconecte o disco em que você faz não deseja instalar durante a instalação. Em seguida, conecte-o novamente e deixe-o conectado.