O que você quer fazer é editar o seu conf i3, para descobrir onde isso está fora você pode usar i3-config-wizard
,
$ i3-config-wizard
The config file "/home/$USER/.config/i3/config" already exists. Exiting.
A linha que configura o comando exit está nesse arquivo e foi criada por padrão
bindsym $mod+Shift+e exec "i3-nagbar -t warning -m 'You pressed the exit shortcut. Do you really want to exit i3? This will end your X session.' -b 'Yes, exit i3' 'i3-msg exit'"
Você verá o i3-nagbar
. Esse é o bar no topo responsável por incomodar você. Basta mudar isso para ir direto para o ramo de saída,
bindsym $mod+Shift+e exec i3-msg exit
E, finalmente, execute i3-msg reload
para recarregar o arquivo de configuração.